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实战！！！单细胞细胞注释（手动 + SingleR）竟然如此简单 . . .
在单细胞转录组数据分析中，细胞类型注释是理解细胞异质性的关键步骤。这次编编将带你从手动Marker基因注释到SingleR自动化注释，完整走通细胞类型鉴定流程，附上可直接运行的R代码，助力你的单细胞研究！
小白如何选择单细胞注释的marker基因？_类型_标记_检索
细胞注释是单细胞转录组数据分析过程中最困难也是最关键的一步，其目的在于将细胞聚类得到的细胞亚群鉴定为具有生物学意义的细胞类型，奠定后续所有高级分析的生物学基础。这个过程常用的方法包括人工手动注释（基于细胞类型标记基因的表达分布情况鉴定细胞）和软件自动注释（通过特定算法以已知细胞类型表达模式鉴定细胞）。手动注释高度依赖于研究者选择的标记基因的质量，而自动化注释工具同样需要高质量的参考数据集或标记基因列表作为输入。因此，能否挑选出一组准确、特异且可靠的细胞类型 marker基因，直接决定了细胞注释的准确性，进而影响下游所有分析结果的生物学意义和可靠性。
CellMarker 2. 0 单细胞人工注释数据库-腾讯云开发者社区-腾讯云
CellMarker 2 0是基于单细胞RNA测序数据的人类小鼠细胞标志物人工注释数据库，支持细胞类型注释、聚类分析、恶性程度评估、细胞分化、表达特征及细胞通讯等工具，提供快速搜索、浏览与下载功能，助力精准单细胞数据分析。
用好这三款Marker基因数据库，让你的单细胞研究事半功倍 . . .
寻找Marker基因是单细胞分析过程中对于细胞准确注释最为关键的一步，尤其是对于人工注释而言。本期推文将给各位老师介绍三款常用的Marker基因数据库，用好这些数据库，让您的单细胞研究效率翻倍！
虽然恶心但能三小时完成单细胞注释，给大家整理了文献用到 . . .
虽然恶心但能三小时完成单细胞注释，给大家整理了文献用到的经典marker小鼠和人单细胞marker数据库，包括13个系统、393种细胞分享给大家，允许白嫖
单细胞注释工具DeepCellSeek：基于大语言模型的系统评估 . . .
单细胞转录组数据分析中，细胞类型精准注释一直是瓶颈，传统工具在亚型识别上表现有限。大语言模型（LLM）为这一难题提供了新思路，但缺乏系统基准与标准化流程。为此，张超课题组构建了大规模基准测试，并配套发布开源工具 DeepCellSeek。
超全总结！一文搞定人小鼠免疫细胞marker！-南京福麦斯 . . .
本文汇总了人小鼠淋巴细胞（B细胞、固有淋巴样细胞、T细胞）、髓系细胞（粒细胞、髓源性抑制细胞、单核细胞，巨噬细胞、树突状细胞、红细胞、巨核细胞、血小板）标志物。
单细胞数据集中常见marker基因汇总_2024版 - 知乎
这篇文章比较特别，是咱们单细胞文献月更分享的第一篇文章，有详细的数据分析及代码，如果需要的话可以联系客服小助手进群交流。